Elle a été créée par le pape Paul VI avec la promulgation de la Constitution apostolique Regimini Ecclesiae universae, le 15 août 1967 (chapitre VII, art. 117-121). Le 6 mars 2000, Jean-Paul II décide de porter à huit le nombre des cardinaux membres de la Préfecture.
La Constitution apostolique Pastor Bonus, promulguée par Jean-Paul II le 28 juin 1988, précise ses fonctions institutionnelles, sa composition et ses compétences.
Aujourd’hui, la Préfecture est un bureau de la Curie romaine chargé de surveiller et contrôler les administrations qui dépendent du Saint-Siège, ou dont celui-ci a la charge, quel que soit le degré d'autonomie dont elles jouissent (art. 176). Elle est composée d'un Collège de cardinaux, dont l'un fait fonction de Président, assisté d’un prélat secrétaire et d’un comptable général (art. 177). Elle exerce les fonctions suivantes:
- examiner les rapports relatifs aux comptes de patrimoine et de résultat, ainsi que les bilans et les budgets des administrations visées à l'art. 176, en vérifiant, si elle le juge nécessaire, les écritures comptables ou les documents.
- rédiger le budget et le bilan consolidé du Saint-Siège et les soumettre à l'approbation de l'autorité supérieure dans les délais prescrits (art. 178).
- exercer une surveillance sur les initiatives économiques des administrations; donner son avis sur les projets les plus importants.
- enquêter sur les préjudices occasionnés, de quelque manière que ce soit, au patrimoine du Saint-Siège, afin d’intenter, si nécessaire, des actions pénales ou civiles devant les tribunaux compétents (art. 179).
L'activité de la Préfecture est régie par un règlement spécial, qui prévoit une équipe d’experts en matière juridico-économique, un conseil de consulteurs et un conseil d’auditeurs, ainsi que des procédures pour l'exécution des attributions propres à de la Préfecture.
